Essenheim wird urkundlich erstmals im Jahre 1140 erwähnt. Die Gründung des Dorfes erfolgte allerdings erheblich früher. Der Ortsname mit der -heim-Endung spricht für eine Entstehung im Zuge der fränkischen Landnahme im 6.Jahrhundert. Auch verschiedene Bodenfunde weisen in diese Zeit. Spuren menschlicher Besiedlung sind jedoch schon viel früher festzustellen. Die ältesten Funde in der Essenheimer Gemarkung stammen aus der sogenannten Glockenbecherkultur (ca. 2300 bis 1800 v. Chr.). Später lebten Kelten und Römer in dieser Gegend. In Mainz befand sich ein großes römisches Legionslager und in den umliegenden Gemarkungen sind Überreste zahlreicher römischer Villen gefunden worden. Auch auf Essenheimer Gebiet scheinen zumindest zwei römische Höfe bestanden zu haben.
Nach dem endgültigen Untergang des römischen Reiches am Rhein um 407 n. Chr. zogen sich die Überlebenden in die befestigten Städte zurück, die Villen auf dem Lande wurden aufgegeben. Das brachliegende Land wurde von germanischen Siedlern in Besitz genommen. In Rheinhessen waren dies zuerst die Alamannen, die nach ihrer Niederlage 496/497 den Franken König Chlodwigs weichen mußten. Chlodwig und seine Nachfolger besiedelten das eroberte Land planmäßig und errichteten eine Verwaltungsstruktur mit Gauen, an deren Spitze ein vom König eingesetzter Graf stand. Essenheim gehörte in dieser Zeit zum Wormsgau.
Durch Schenkungen der Könige gelangten große Teile des Landes in Besitz von Kirchen, Klöstern und Adligen. In Essenheim waren vor allem die Klöster Tholey an der Saar und St. Maximin bei Trier sowie der Mainzer Erzbischof begütert. Dem Kloster Tholey gehörte die dem heiligen Mauritius geweihte Kirche und der Zehnt. Die Mainzer Güter kamen nach und nach an verschiedene Mainzer Stifte und Klöster und an das Zisterzienser-Kloster Eberbach im Rheingau.
Da die kirchlichen Grundbesitzer ihre Gerichtsbarkeit nicht selbst ausüben konnten, belehnten sie Adlige oder Ministerialen (unfreie Bedienstete) mit der Vogtei (bewaffneter Schutz und Blutgerichtsbarkeit) über ihre Güter. Die Vogtei über den Essenheimer Besitz des Mainzer Erzbischofs übten die Herren von Bolanden aus. Diese waren ein Ministerialengeschlecht aus der Pfalz, das in der Zeit der staufischen Kaiser zu großer Macht gelangte.
Die bolandische Vogtei kam durch Heirat einer Erbtochter an die Grafen von Sponheim, später an die Grafen von Veldenz, die auch die Vogtei über die Tholey'schen Güter in Essenheim hatten. Nach dem Tod Friedrichs, des letzten Grafen aus diesem Hause, 1444 erbte sie sein Schwiegersohn Pfalzgraf Stephan. Bei der Teilung des Pfalzgrafschaft unter dessen vier Söhnen fiel die Grafschaft Veldenz mit Essenheim an Ludwig, den späteren Herzog von Pfalz-Zweibrücken. Essenheim blieb dann bis 1733 beim Herzogtum Pfalz-Zweibrücken und gehörte zum Oberamt Meisenheim. Die beiden benachbarten Dörfer Stadecken und Essenheim bildeten das räumlich weit entfernt vom Rest des Herzogtums gelegene Amt Stadecken, wo der vom Herzog eingesetzte Amtmann residierte.
Auch die Essenheimer hatten unter Kriegen und Seuchen zu leiden. Insbesondere im Dreißigjährigen Krieg waren die Bedrückungen durch Einquartierungen von Soldaten, Plünderungen und Brandschatzungen schlimm. 1645 überfielen marodierende Soldaten das Dorf und erstürmten die Kirchhof, wo die Bevölkerung Schutz gesucht hatte. Bald nach Ende des Krieges fielen einer Pestepidemie zahlreiche Menschen zum Opfer. Kaum dreißig Jahre später wurden im Pfälzischen Erbfolgekrieg viele Essenheimer Gebäude zerstört.
1733 trat der Herzog von Pfalz-Zweibrücken nach wiederholten Streitigkeiten Stadecken und Essenheim an Kurpfalz ab. Die beiden Dörfer kamen zum kurpfälzischen Amt Oppenheim. Im 18. Jahrhundert stieg die Bevölkerungszahl stark an, die wirtschaftlichen Verhältnisse konnten damit aber nicht Schritt halten. Zusammen mit der Unzufriedenheit über die politische Unfreiheit trieb dies viele Menschen zur Auswanderung.
Die französische Revolution 1789 führte zu grundlegenden Veränderungen der Verhältnisse vor allem in den linksrheinischen deutschen Gebieten. Ende 1792 besetzten französiche Truppen Mainz. Anhänger der Revolution gründeten die Mainzer Republik und warben in den umliegenden Dörfern für Freiheit und Gleichheit. Zwar konnten preußische Truppen schon im Frühjahr 1793 Mainz und Rheinhessen zurückerobern, doch im Frieden von Campo Formio 1797 bekam Frankreich endgültig die linksrheinischen Gebiete zugesprochen.
Von 1797 bis 1815 gehörte Essenheim damit zur Fränkischen Republik. Die Feudallasten wurden abgeschafft und der kirchliche Besitz weitgehend säkularisiert. Der Besitz des Klosters Eberbach im Rheingau, des größten Grundherren in Essenheim, wurde an Essenheimer Bürger versteigert, ebenso das Gut der Mainzer Domherren. Die Führung von Zivilstandsregistern durch den Maire, den Bürgermeister und Zivilbeamten, trat an die Stelle der bisherigen Aufzeichnung in Kirchenbüchern. Die Segnungen der Revolution wurden aber bald durch die zunehmenden Steuerlasten und vor allem die Einziehung zahlreicher junger Männer in die Grand Armée aufgewogen.
Nach Napoleons Niederlage wurden auf dem Wiener Kongreß die politischen Verhältnisse in Europa neugeordnet. Das Gebiet zwischen Mainz, Bingen, Alzey und Worms wurde dem Großherzogtum Hessen-Darmstadt zugesprochen und bildete ab 1816 die Provinz Rheinhessen. Einige Errungenschaften aus der französischen Zeit konnten sich die Rheinhessen bewahren, doch nach der gescheiterten Revolution von 1848, bei der linksrheinische Pfälzer und Rheinhessen in vorderster Front standen, nahm der Einfluß der Regierung in Darmstadt wieder stark zu.
Bis zum Ende der Kaiserzeit blieb Essenheim beim Großherzogtum Hessen-Darmstadt und kam dann zum Volksstaat Hessen.
Nach
dem 2. Weltkrieg
bildete die frühere Provinz Rheinhessen mit den linksrheinischen pfälzischen
Gebieten den Regierungsbezirk Rheinhessen-Pfalz in dem neugeschaffenen Bundesland Rheinland-Pfalz. Essenheim gehörte zum Landkreis
Mainz.
Im Zuge der Verwaltungsreform 1969 wurden die Landkreise Mainz und Bingen
vereinigt. Als untere Verwaltungsbehörden wurden die Verbandsgemeinden
geschaffen, in den Ortsgemeinden gibt es seitdem nur einen ehrenamtlichen Ortsbürgermeister .
Essenheim kam mit sieben
anderen Gemeinden zur Verbandsgemeinde Nieder-Olm.
Das Ortswappen von Essenheim nimmt Bezug auf die geschichtliche Zugehörigkeit der Gemeinde. Es zeigt den roten Löwen des Herzogtums Pfalz-Zweibrücken, zu dem Essenheim bis 1734 gehörte, und den goldenen Löwen der Kurpfalz, die das Dorf in diesem Jahr erwarb.